2003年4月24日(农历2003年3月23日)，全国防治非典型肺炎指挥部在京成立。4月24日，温家宝在全国防治非典型肺炎指挥部成立会上强调，成立指挥部是党中央、国务院的重大决策。2003年4月24日，中共中央政治局常委、国务院总理温家宝在全国防治非典型肺炎指挥部成立会上强调，成立全国防治非典型肺炎指挥部是党中央、国务院的重大决策，是加强非典型肺炎防治工作的重要组织保证。要加强领导，统一指挥，协调各方面力量，坚决打赢防治非典型肺炎这场硬仗。中共中央政治局委员、国务院副总理、全国防治非典型肺炎指挥部总指挥吴仪主持会议并讲了话。国务委员兼国务院秘书长、全国防治非典型肺炎指挥部副总指挥华建敏出席会议。温家宝指出，面对当前非典型肺炎防治工作的严峻形势，我们要树立必胜的信心。有党中央的坚强领导，有几个月艰苦努力积累的防治疫病的宝贵经验，有改革开放以来形成的雄厚物质和技术基础，有全国人民的支持，只要我们加强团结，共同奋斗，一定能够战胜这场疫病灾害。他希望指挥部所有成员要以对人民高度负责的精神，迎难而上，不辱使命，不负重托，出色完成党和人民交给的光荣任务。温家宝要求，指挥部要扎扎实实做好10个方面的重要工作：一是做好防治工作，准确统计并及时公布疫情，针对疫情采取有效的防治措施，及时总结经验，提高防治效果；二是做好卫生检疫工作，加强对车站、机场、码头、出入境口岸和汽车、火车、飞机等重点部位流动人员的卫生检疫工作，采取果断措施，切断疫病传播途径；三是组织科技攻关，充分利用国内科研力量，积极开展国际交流与合作，尽快找到科学有效的防治方法；四是做好后勤保障工作，确保医药用品等各种物资和设备不断档、不涨价；五是把农村疫情的防治工作做在前面，摸清农村疫情，采取相应防治措施，对困难患者实行免费治疗，对城市农民工就地救治；六是加强学校的疫情防治工作，充分发挥党、团组织和教师的作用，关心师生身体健康，对患病学生要及时救治，维护学校的正常秩序；七是加强社会治安综合治理，坚决打击趁机造谣惑众、哄抬物价等各种违法犯罪活动，维护群众利益；八是大力宣传党中央和国务院的正确决策，宣传传染病防治法与防治知识，宣传防治工作中的先进人物和先进事迹，树立群众的信心；九是加强国际合作，加强与世界卫生组织的合作，加强与香港、澳门特别行政区和台湾地区的合作；十是把北京市防治工作作为全国的重中之重抓紧抓好。吴仪对指挥部下一步工作作出了部署：一是各工作组要迅速行动起来，工作立即到位。抓紧制定详细周密的工作方案和切实有效的工作措施。二是严格工作责任，严肃工作纪律。要层层建立责任制，绝不允许推诿扯皮、玩忽职守，否则要严肃追究有关领导和直接责任人的责任。三是密切配合，形成合力。指挥部各成员单位要树立全局意识和大局意识，以高度的政治责任感和历史使命感，团结协作，积极配合，相互支持、相互理解、相互补台，共同做好工作。要积极主动地帮助地方解决防治非典型肺炎工作中的实际问题。全国防治非典型肺炎指挥部由党中央、国务院、军队系统和北京市的30多个部门和单位的人员组成，下设10个工作组和办公室，卫生部常务副部长高强为防治组组长、质检总局局长李长江为卫生检疫组组长、科技部部长徐冠华为科技攻关组组长、发展改革委主任马凯为后勤保障组组长、农业部副部长刘坚为农村组组长、中宣部常务副部长吉炳轩为宣传组组长、公安部常务副部长田期玉为社会治安组组长、外交部副部长戴秉国为外事组组长、教育部部长周济为教育组组长、北京市代市长王岐山为北京组组长、国务院副秘书长徐绍史为办公室主任。