2003年9月14日(农历2003年8月18日)，爱沙尼亚公民加入欧盟。 2003年9月14日，爱沙尼亚就是否加入欧盟问题进行了全民公决:参加投票的公民占全体公民人数的63%，结果以66.92%赞成，33.08%反对而通过“入盟公决”。 在全民公决之前，爱沙尼亚社会曾对“入盟”问题展开了广泛、激烈的争论。 支持者普遍有一种“背靠大树好乘凉”的心态，他们认为，爱沙尼亚如果加入欧盟，将使这个小国获得更加安全稳定的商业环境，从而吸引更多的外资，扩大出口。此外，来自欧盟的各种援助也将为爱沙尼亚的经济输氧。 反对“入盟”的人认为，加入欧盟将使爱沙尼亚再次丧失国家的独立和主权的完整，背离爱沙尼亚一贯奉行的自由贸易原则。而入盟导致的物价上涨也成为低收入阶层反对加入欧盟的主要原因。 尽管反对入盟的呼声此起彼伏，但先前进行的各种民意调查结果表明，支持入盟的人数远高于反对方，入盟已是大势所趋，因此公决结果并不出人意外。正如欧盟“扩盟”事务委员Gunter Verheugen所说的：除了欧盟之外，爱沙尼亚没有更好的选择，这个国家的政治、经济前景太多地依赖欧洲整合的步伐。只有加入欧盟，爱沙尼亚的政治、经济得益才能在国际范围内得到保护。